Вы — безымянный солдат, разбуженный утром своим командиром. Неизвестный враг под кодовым именем Quake опустошает вашу военную базу, засылая легионы смерти через телепортационные врата, называемые «Slipgate». Вы призваны возглавить операцию по возмездию «Контрудар» (Counterstrike), пройти через эти врата на территорию врага в другом измерении, и уничтожить его.